А как вы собираетесь программировать альтернативный сплайсинг?
| Генетика и молекулярная биология https://geneforum.ru/ |
|
| Моделирование развития организма с использованием компьютера https://geneforum.ru/viewtopic.php?f=29&t=1566 |
Страница 1 из 1 |
| Автор: | AlexProOra [ Пн окт 15, 2007 3:24 pm ] |
| Заголовок сообщения: | Моделирование развития организма с использованием компьютера |
Занимаюсь разработкой программы позволяющей синтезировать белок по нуклеотидной последовательности с учетом физических взаимодействий и визуализацией процесса на мониторе компьютера. Для этого используется база данных Oracle как средство хранения всей инфраструктуры организма (растения) + визуализация в реальном времени роста (репликации) клеток с использованием OpenGl. Есть масса вопросов и идей… Есть ли в России НИИ или иные коммерческие предприятия занимающиеся подобными разработками? В идеале хочу создать компьютерную среду для имитация процесса развития организма. Немного истории: Начинал с создания искусственного интеллекта, пришел к тому что его целесообразно вырастить. Изучил Генетику, осознал необходимость изучения Эмбриологии (основа – масса практических экспериментов для анализа и сравнения). В данный момент понял, чтобы получить быстрый результат проще для начала заняться генетикой растений. С Уважением, Алексей. |
|
| Автор: | LAMAR [ Пт ноя 13, 2009 9:35 pm ] |
| Заголовок сообщения: | |
очень интересная тема ___________ Заказывайте с удовольствием кран манипулятор там регестрируйся и заказывай у нас |
|
| Автор: | Адзуми [ Вс ноя 15, 2009 5:50 pm ] |
| Заголовок сообщения: | |
А как вы собираетесь программировать альтернативный сплайсинг?
|
|
| Автор: | AlexProOra [ Пт янв 22, 2010 11:40 pm ] |
| Заголовок сообщения: | |
Адзуми писал(а): А как вы собираетесь программировать альтернативный сплайсинг?
Разрабатывается физическая среда (учиывается плотность, давление, притягивание одинаковых белков и т.д.) в которой и происходит деление. Вобщем коешто уже набрасал, прикольно получается, но знаний в химии не хватает. Приходится одному все изучать 
Блин интересно это на стыке наук, нужно быть и химиком и физиком и эмбриологом + генетиком + программистом... ух... народ включайтесь в ряды... Странно что никто этим не занимается, это же очень интересно и перспективно... а когда все это делится и растет на твоих глазах, завораживает.. |
|
| Автор: | AlexProOra [ Пн янв 25, 2010 12:20 pm ] |
| Заголовок сообщения: | |
Первый этап: Делать то что уже есть, не совсем интересно, читая литературу пришел к выводу что до сих пор нет точного понимания алгоритма формирования организма, понятно только что идет репликация и т.д. но взяв ДНК никто точно не скажет что из нее должно вырасти (две руки или 20 ножек + один глаз?) . Из литературы следует что вся структура организма закодирована в ДНК, и тут мне как программисту есть над чем поработать, так как задача достаточно проста: есть неразрывная цепочка нуклеотидных звеньев и собственно как из нее можно построить различные формы? Для простоты понимания в данной задаче цепочку ДНК можно рассматривать не как последовательность нуклеотидных звеньев, а как последовательность белков. Абстрагируясь от генетики и перейдя в чисто технические термины задачу можно сформулировать так: как из непрерывной цепочки байтов (белков) сформировать любую форму (в идеале стремимся выделить ноги, руки и т.д..). Для этого, нужно создать инфраструктуру максимально близко имитирующую окружающую среду, то есть учесть все физические воздействия при делении, притяжение одинаковых белков, "кучность" отталкивание и расширение в процессе образования новых белков. Учесть химию, выделяемое тепло и иные зависимости. Самое главное и интересное в любой работе - видеть результат! Поэтому в данный момент я как раз разрабатываю 3D среду поместив в которую "ДНК" можно будет наглядно видеть весь процесс репликации, удвоения и роста... Чем точнее будет реализован алгоритм внешней среды, тем интересней будут результаты. Сейчас я сделал следующее : 1. алгоритм распределения: а. одинаковые белки притягиваются; б. полученная масса распределяется, то есть если новая клетка окружена другими то она их отталкивает, те в свою очередь толкают другие до тех пор пока не будет снята внутренняя напряженность. 2. алгоритм репликации: а. каждая новая клетка начинает свой процесс репликации с начала цепочки; б. .... 3. визуальная среда : а. можно двигаться вперед, назад, поворачивать камеру влево, право. б. устанавливать паузу (останавливает алгоритм распределения клеток в среде) Включая сюда дополнительные алгоритмы и условия получаем совершенно разное поведение развития, огромный плюс что все это видно в реальном времени. Зачем мне это надо? ну интересно и перспективно, хочется найти единомышленников, если есть люди увлекающиеся данной тематикой, давайте вместе попробуем... если кому интересно программу готов выслать... Мне не хватает знаний по генетике, чтобы учесть все нюансы развития. Но я точно знаю что если есть люди которые 100% понимают как это должно работать я это смогу реализовать программно С Уважением, Алексей.[/img] |
|
| Автор: | Демиург [ Пн янв 25, 2010 10:48 pm ] |
| Заголовок сообщения: | |
http://forum.neuroscience.ru/showthread.php?t=4220 |
|
| Автор: | AlexProOra [ Вт янв 26, 2010 12:03 am ] |
| Заголовок сообщения: | |
Демиург писал(а): http://forum.neuroscience.ru/showthread.php?t=4220
Спасибо! интересно.... |
|
| Автор: | AlexProOra [ Пн май 06, 2013 10:09 am ] |
| Заголовок сообщения: | Re: Моделирование развития организма с использованием компью |
Ради бога... expogen.exe - http://files.mail.ru/092BD14351C243DAB5758D867FA2E1A2 1. нажимаем "Начнем" 2. нажимаем "Репликация" до тех пор пока ресурсов компьютера хватит в реальном времени все прощитывать... 3. программа сейчас в виде макета, исключительно чтоб понять можно было - что и как... Но одно открытие уже сделал, если это можно так назвать. Почему организмы если пополам разделить - то они одинаковые почти во всем. Это визуально наблюдается при выше описанных условиях репликации. Вобщем сейчас в застое, читаю Химию, так как без нее - грамотно белки строить не возможно, нужно учитывать температуру и т.д... + одному чет тяжко совсем, нужно группу по направлениям собирать, чтоб каждый по своей линии мог давать точные данные. Никто пока не соглашается...  Нужна группа следующего состава (примерно): 1. генетик (хорошо понимал процессы репликации) 2. эмбриолог (мог визульно оценить правильность работы программы репликации) 3. программист (все это запрограммировать) 4. химик-физик (реализация алгоритма формирования(расщепления) белка с учетом внешних факторов) |
|
| Автор: | Дмитрий Калужский [ Ср сен 11, 2013 11:23 pm ] |
| Заголовок сообщения: | Re: Моделирование развития организма с использованием компью |
Кто нибудь уже опробовал программу, напишите о своих впечатлениях, очень интересно. |
|
| Автор: | AlexProOra [ Пт дек 13, 2013 3:49 pm ] |
| Заголовок сообщения: | Re: Моделирование развития организма с использованием компью |
Сурмама писал(а): На вашей программе можно сделать сотни диссертаций  Да старая она уже и линк просрочен.. но если кому згодится, буду только рад.... Вот кстати на Сoursera будут читать курс - Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU), записался... Переделаю по результатм обучения с использованием CUDA, получится думаю - гораздо интересней.... |
|
| Автор: | Быков [ Сб янв 25, 2014 11:47 am ] |
| Заголовок сообщения: | Re: Моделирование развития организма с использованием компью |
Жаль у вас суперкомпьютера под рукой нет. Хотя с нынешними облачными системами это уже не проблема, скоро будет.
|
|
| Автор: | AlexProOra [ Сб окт 25, 2014 10:28 pm ] |
| Заголовок сообщения: | Re: Моделирование развития организма с использованием компью |
Вобщем, знаний не хватает, никто помогать не хочет... Решил сначала вырастить на компьютере растение  Сейчас читаю книгу по генетике развития растений... оказывает тема в России не сильно развита, только в Питере институт профильный есть. Пытался найти преподавателей, чтобы часика 2-3 помучать глупыми вопросами за денюжки, нету... Неужели мне одному данная тема интересна? Ну это же очень перспективно... Вобщем срочно нужны генетики  А то один буду потом бонусы собирать 
|
|
| Автор: | AlexProOra [ Вт май 17, 2022 12:46 am ] | ||
| Заголовок сообщения: | Re: | ||
Адзуми писал(а): А как вы собираетесь программировать альтернативный сплайсинг? С альтернативным сплайсингом вопрос решил путем четкой привязки комплекса сигнальных путей к активации конкретной мРНК. Нет смысла играться с интронами и экзонами в цифре, это фишка природы созданная для реализации сложных "физико-химических" процессов в клетке, в нашем случае важно реализовать сам алгоритм биологии развития. Сложней всего было написать движок, позволяющий создать материнскую инфраструктуру (на примере дрозофилы) и путем добавления мРНК (nanos, bicoid и Dorsal protein) сформировать их градиенты и определить оси полярности внутри эмбриона (дорсально-вентральной и передний-задний).
|
|||
| Страница 1 из 1 | Часовой пояс: UTC + 4 часа |
| Powered by phpBB® Forum Software © phpBB Group https://www.phpbb.com/ |
|