Генетика и молекулярная биология
http://geneforum.ru/

Моделирование развития организма с использованием компьютера
http://geneforum.ru/viewtopic.php?f=29&t=1566
Страница 1 из 1

Автор:  AlexProOra [ Пн окт 15, 2007 3:24 pm ]
Заголовок сообщения:  Моделирование развития организма с использованием компьютера

Занимаюсь разработкой программы позволяющей синтезировать белок по нуклеотидной последовательности с учетом физических взаимодействий и визуализацией процесса на мониторе компьютера. Для этого используется база данных Oracle как средство хранения всей инфраструктуры организма (растения) + визуализация в реальном времени роста (репликации) клеток с использованием OpenGl. Есть масса вопросов и идей…
Есть ли в России НИИ или иные коммерческие предприятия занимающиеся подобными разработками?
В идеале хочу создать компьютерную среду для имитация процесса развития организма.

Немного истории:
Начинал с создания искусственного интеллекта, пришел к тому что его целесообразно вырастить.
Изучил Генетику, осознал необходимость изучения Эмбриологии (основа – масса практических экспериментов для анализа и сравнения).
В данный момент понял, чтобы получить быстрый результат проще для начала заняться генетикой растений.

С Уважением,
Алексей.

Автор:  LAMAR [ Пт ноя 13, 2009 9:35 pm ]
Заголовок сообщения: 

очень интересная тема
___________
Заказывайте с удовольствием кран манипулятор там регестрируйся и заказывай у нас

Автор:  Адзуми [ Вс ноя 15, 2009 5:50 pm ]
Заголовок сообщения: 

А как вы собираетесь программировать альтернативный сплайсинг? :shock:

Автор:  AlexProOra [ Пт янв 22, 2010 11:40 pm ]
Заголовок сообщения: 

Адзуми писал(а):
А как вы собираетесь программировать альтернативный сплайсинг? :shock:

Разрабатывается физическая среда (учиывается плотность, давление, притягивание одинаковых белков и т.д.) в которой и происходит деление. Вобщем коешто уже набрасал, прикольно получается, но знаний в химии не хватает. Приходится одному все изучать :(
Блин интересно это на стыке наук, нужно быть и химиком и физиком и эмбриологом + генетиком + программистом... ух... народ включайтесь в ряды... Странно что никто этим не занимается, это же очень интересно и перспективно... а когда все это делится и растет на твоих глазах, завораживает..

Автор:  AlexProOra [ Пн янв 25, 2010 12:20 pm ]
Заголовок сообщения: 

Первый этап:
Делать то что уже есть, не совсем интересно, читая литературу пришел к выводу что до сих пор нет точного понимания алгоритма формирования организма, понятно только что идет репликация и т.д. но взяв ДНК никто точно не скажет что из нее должно вырасти (две руки или 20 ножек + один глаз?) . Из литературы следует что вся структура организма закодирована в ДНК, и тут мне как программисту есть над чем поработать, так как задача достаточно проста:
есть неразрывная цепочка нуклеотидных звеньев и собственно как из нее можно построить различные формы? Для простоты понимания в данной задаче цепочку ДНК можно рассматривать не как последовательность нуклеотидных звеньев, а как последовательность белков. Абстрагируясь от генетики и перейдя в чисто технические термины задачу можно сформулировать так: как из непрерывной цепочки байтов (белков) сформировать любую форму (в идеале стремимся выделить ноги, руки и т.д..).

Для этого, нужно создать инфраструктуру максимально близко имитирующую окружающую среду, то есть учесть все физические воздействия при делении, притяжение одинаковых белков, "кучность" отталкивание и расширение в процессе образования новых белков. Учесть химию, выделяемое тепло и иные зависимости.

Самое главное и интересное в любой работе - видеть результат! Поэтому в данный момент я как раз разрабатываю 3D среду поместив в которую "ДНК" можно будет наглядно видеть весь процесс репликации, удвоения и роста... Чем точнее будет реализован алгоритм внешней среды, тем интересней будут результаты.
Сейчас я сделал следующее :
1. алгоритм распределения:
а. одинаковые белки притягиваются;
б. полученная масса распределяется, то есть если новая клетка окружена другими то она их отталкивает, те в свою очередь толкают другие до тех пор пока не будет снята внутренняя напряженность.
2. алгоритм репликации:
а. каждая новая клетка начинает свой процесс репликации с начала цепочки;
б. ....
3. визуальная среда :
а. можно двигаться вперед, назад, поворачивать камеру влево, право.
б. устанавливать паузу (останавливает алгоритм распределения клеток в среде)

Включая сюда дополнительные алгоритмы и условия получаем совершенно разное поведение развития, огромный плюс что все это видно в реальном времени.

Зачем мне это надо? ну интересно и перспективно, хочется найти единомышленников, если есть люди увлекающиеся данной тематикой, давайте вместе попробуем... если кому интересно программу готов выслать...
Мне не хватает знаний по генетике, чтобы учесть все нюансы развития. Но я точно знаю что если есть люди которые 100% понимают как это должно работать я это смогу реализовать программно

С Уважением,
Алексей.[/img]

Автор:  Демиург [ Пн янв 25, 2010 10:48 pm ]
Заголовок сообщения: 

http://forum.neuroscience.ru/showthread.php?t=4220

Автор:  AlexProOra [ Вт янв 26, 2010 12:03 am ]
Заголовок сообщения: 

Демиург писал(а):
http://forum.neuroscience.ru/showthread.php?t=4220

Спасибо! интересно....

Автор:  AlexProOra [ Пн май 06, 2013 10:09 am ]
Заголовок сообщения:  Re: Моделирование развития организма с использованием компью

Ради бога...
expogen.exe - http://files.mail.ru/092BD14351C243DAB5758D867FA2E1A2
1. нажимаем "Начнем"
2. нажимаем "Репликация" до тех пор пока ресурсов компьютера хватит в реальном времени все прощитывать...
3. программа сейчас в виде макета, исключительно чтоб понять можно было - что и как...

Но одно открытие уже сделал, если это можно так назвать. Почему организмы если пополам разделить - то они одинаковые почти во всем.
Это визуально наблюдается при выше описанных условиях репликации.
Вобщем сейчас в застое, читаю Химию, так как без нее - грамотно белки строить не возможно, нужно учитывать температуру и т.д...
+ одному чет тяжко совсем, нужно группу по направлениям собирать, чтоб каждый по своей линии мог давать точные данные. Никто пока не соглашается... :crazy:
Нужна группа следующего состава (примерно):
1. генетик (хорошо понимал процессы репликации)
2. эмбриолог (мог визульно оценить правильность работы программы репликации)
3. программист (все это запрограммировать)
4. химик-физик (реализация алгоритма формирования(расщепления) белка с учетом внешних факторов)

Автор:  Дмитрий Калужский [ Ср сен 11, 2013 11:23 pm ]
Заголовок сообщения:  Re: Моделирование развития организма с использованием компью

Кто нибудь уже опробовал программу, напишите о своих впечатлениях, очень интересно.

Автор:  AlexProOra [ Пт дек 13, 2013 3:49 pm ]
Заголовок сообщения:  Re: Моделирование развития организма с использованием компью

Сурмама писал(а):
На вашей программе можно сделать сотни диссертаций 8)

Да старая она уже и линк просрочен.. но если кому згодится, буду только рад....
Вот кстати на Сoursera будут читать курс - Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU), записался...
Переделаю по результатм обучения с использованием CUDA, получится думаю - гораздо интересней....

Автор:  Быков [ Сб янв 25, 2014 11:47 am ]
Заголовок сообщения:  Re: Моделирование развития организма с использованием компью

Жаль у вас суперкомпьютера под рукой нет. Хотя с нынешними облачными системами это уже не проблема, скоро будет. 8)

Автор:  AlexProOra [ Сб окт 25, 2014 10:28 pm ]
Заголовок сообщения:  Re: Моделирование развития организма с использованием компью

Вобщем, знаний не хватает, никто помогать не хочет...
Решил сначала вырастить на компьютере растение :oops:
Сейчас читаю книгу по генетике развития растений... оказывает тема в России не сильно развита, только в Питере институт профильный есть.
Пытался найти преподавателей, чтобы часика 2-3 помучать глупыми вопросами за денюжки, нету...
Неужели мне одному данная тема интересна? Ну это же очень перспективно...
Вобщем срочно нужны генетики :friends:
А то один буду потом бонусы собирать :pardon:

Страница 1 из 1 Часовой пояс: UTC + 4 часа
Powered by phpBB® Forum Software © phpBB Group
https://www.phpbb.com/